Los primeros asentamientos humanos en la zona datan, según los restos líticos y cerámicos hallados en el Tozal de las Piedras y en Civiacas, de finales del Neolítico y principios del Bronce. A estos les sucedieron los ilergetes, romanos, visigodo, musulmanes y finalmente tras la reconquista los cristianos.
La primera cita documental arranca de 1.090 cuando Pedro I siendo infante-rey concedió a Ramón Guillén y a Berenguer Gombald la carta de población en Pueyo de Moros titulándose como rey de Monzón.
Pueyo tuvo siempre una floreciente comunidad musulmana, conservando, a partir del s. XIV el topónimo de Pueyo de Moros. Este viene del latín “Podium” equivalente a altura. En el s. XII es conocido como Podium Monssoni, posteriormente Pueyo de Moros, que conservó hasta 1.872. A partir de 1.873 y bajo la iniciativa del misionero P. Gabi que propuso durante la celebración de unos actos religiosos el cambio de nombre por el de Pueyo de Santa Cruz.
Entre los años 1.746 a 1.757 fue levantado el actual templo, siendo Fray Nicolás Mata el prior, y fue construido su retablo en 1.756. En 1.783 la iglesia es nueva y de la religión de San Juan de Jerusalén. Con piedra de sillería en su fábrica tiene en el campanario mozárabe, un símbolo de su pasado musulmán, mientras, la torre es de estilo renacentista, compuesta por tres cuerpos, el primero de piedra, y los dos restantes de ladrillo macizo. La fachada principal con puerta de arco de medio punto y hornacina vacía.
En el año 1.826 eran cinco los altares del nuevo templo: El mayor, el rosario, Santo Cristo, S. Francisco Javier, propiedad de la casa Revilla y San José. El año 1.890 era de orden Corintio, con forma de cruz, con tres naves, pero la cúpula amenaza ruina. Durante este año fue construido el altar del Corazón de Jesús. Al estallar la guerra de 1.936 el templo fue saqueado siendo su archivo incendiado.
El fondo de la bandera es color azul, que simboliza, por un lado el agua y por el otro el cristianismo. En el primer caso, el agua es símbolo de fertilidad generado por el río Cinca y la acequia de la ribera que ya desde el s. XII dotaba de riegos la margen izquierda del río, pasando por esta localidad. En el segundo caso, el azul fue ya en la reconquista un color con fuertes connotaciones, pues era un símbolo de lealtad, nobleza y justicia. Una cruz de San Jorge de color blanco se incluye en la bandera.
La presencia como señor feudal cristiano de D. Pedro de Osso, condiciona la presencia del escudo de armas correspondiente a la distra del escudo heráldico municipal. Por otro lado, el escudo más habitual en el uso del apellido gentilicio “Pueyo” (pequeño montículo), sumando una flor de Lis de oro. Asimismo y por diversos testimonios recogidos de descripciones del Castillo que había existido en la colina situada tras la iglesia, se dota a dicho escudo con la corona del Marques.
En términos económicos, Pueyo ha sido tradicionalmente una población dedicada al sector primario, aunque en la actualidad gran parte de la población se dedique a otras actividades y tenga su puesto de trabajo en Monzón y Comarca. Las ricas tierras del lugar producen excelentes frutales, forrajes, cereales, viñas, almendros, etc. La ganadería esta presente en explotaciones de ovino, bovino y porcino. Estos dos últimos sectores aseguran su continuidad gracias a la dedicación de algunos jóvenes de Pueyo. Por su parte destaca la elaboración tradicional de pan en horno de leña y la producción de cerámica en un taller de la localidad.
Si bien hablamos de trabajo no puede faltar su compensación como son las fiestas y celebraciones. Así pues se pueden nombrar como más arraigadas las siguientes: Fiestas patronales en honor a la Santa Cruz, el 3 de mayo, y a Santa Barbara el 4 de diciembre, fiestas de verano el último fin de semana de agosto, San Isidro, San Antón y Santa Águeda. Además cabe destacar el tradicional día de los “Quintos” en el cual queda reflejada la gran hospitalidad de los vecinos agasajando con todo tipo de manjares a todo aquel que se sume a la ronda que recorre las calles de la población. Esto queda reservado para el día antes del Lunes de Pascua que, por cierto, también se celebra con la tradicional romería a la ermita de la Alegría.
Aunque en 1936 eran 738, actualmente residen 384 habitantes, cifra que ha aumentado en el último año, gracias a la construcción de 27 viviendas unifamiliares de protección oficial.
El Municipio, cuenta en la actualidad con un nuevo edificio que alberga entre otros, las oficinas del Ayuntamiento, consultorio médico y ATS, y salón social. También cuenta con servicio de farmacia. En cuanto a lo deportivo se refiere este municipio, dispone de instalaciones deportiva de fútbol sala, tenis, baloncesto, etc. Entre las que destaca el campo de fútbol que alberga los partidos del equipo de la localidad U.D. PUEYO-HINACO que milita en la 1ª regional, además de las piscinas municipales que se inauguraron en el verano de 2.007.